Het vuil water wordt via de riolering afgevoerd naar een waterzuiveringsstation in de buurt. Voor het grondgebied Zedelgem loopt dit voor een stuk naar het zuiveringsstation van Snellegem en de rest via het zuiveringsstation van Brugge.

Bij het bouwen van een nieuw huis is de aansluiting op de gemeentelijke riolering verplicht. In de meeste projecten is het verplicht om reeds voorzieningen te treffen om op een gescheiden rioleringsstelsel aan te sluiten.

Binnen de gemeente liggen veel open grachten maar niet alle grachten zitten in het beheer van de gemeente.

Op dinsdag 17 april 2018 ondertekenden 12 overheden en organisaties het riviercontract voor de vallei van de Kerkebeek. Het riviercontract is het voorlopige eindpunt van een uniek participatieproject waarin burgers, verenigingen en overheden een jaar lang samen oplossingen hebben gezocht om wateroverlast te verminderen in Zedelgem en Sint-Michiels (Brugge).

De gemeente Zedelgem is in samenwerking met Aquafin begonnen aan de opmaak van een hemelwaterplan voor het grondgebied Zedelgem.

Het plaatsen van een individuele waterzuiveringsinstallatie bij particuliere gezinnen, die niet kunnen aansluiten op het rioleringsnet, is een vrij hoge investering. De gemeente Zedelgem biedt hiervoor een tussenkomst.

Een subsidie wordt uitbetaald voor het aanleggen van een regenwaterput in het kader van het integraal waterbeleid en een boorput.

De gemeenten Oostkamp, Torhout en Zedelgem sloegen in 2014 de handen in elkaar en brachten met 'Hoeven Troeven Proeven' een handige gids uit met alle verkooppunten van lokale hoeveproducten, honing en fairtradeproducten.